A szűrőbaktériumok az akvárium szűrőkbe települnek, és ártalmatlan anyagokká alakítják a halhulladékot. Minden biológiai úton zajlik. Minél több ilyen baktérium van a szűrőben, annál gyorsabban és biztonságosabban távolítjuk el a hulladékot a vízből. Ezért javasoljuk nagyon porózus szűrőközegek használatát, amelyek a baktériumok számára a legnagyobb kolonizációs területtel rendelkeznek.

A baktériumok a bekapcsolás után körülbelül egy hónappal telepedhetnek le a szűrőben. Ha ezt jelentősen fel akarja gyorsítani, vagy növelni kívánja a szűrőben lévő számukat, használja ezeket a baktériumállományokat.