Ezek a hasznos baktériumok nagyobb feladatot látnak el az akváriumban, mint gondolná. A szűrő és az aljzat ideális esetben tele van ezekkel a baktériumokkal, ugyanis pontosan ezek végzik a víz kémiai tisztítását. Nélkülük a vízben azonnal megemelkednének az N-anyagok értékei, ami nagy gondot okozhatna a halaknak. A nitrifikáló baktériumok viszont lenyelik ezeket az anyagokat.

Használatuk nagyon ajánlatos új szűrő megvásárlása esetén, hiszen nélkülük a szűrő az első hetekben csak mechanikus szűrést végezne. Ezenkívül minden akvárium indításakor is használjon baktériumokat.