Az akvárium belső szűrésének fő előnye az ára. Nem olyan drága megvásárolni, mint a külső szűrőket, amelyekben nagyobb a szűrőközeg tartalma és az akváriumon kívül találhatók. 

A belső szűrőknek három alapvető típusa van. Egyrészt a kompakt szűrők motorral, amelyek szivattyút és szűrőhabot egyaránt tartalmaznak. Hátrányuk, hogy nem tartalmaznak túl sok szűrőbetétet. A legismertebb motoros szűrők úttörői az Eheim belső szűrők. Másik lehetőség egy szivattyúfej megvásárlása, amely szivattyúként szolgál, amelyen keresztül a víz áthalad, és amelyre szűrőhabkockát helyezünk. Így nagyobb teret kapunk a szűrőanyag számára. Az utolsó típus a habszivacsszűrők, amelyek a légmotorhoz vannak csatlakoztatva. Ezek jobban megfelelnek legfeljebb 50 literes kis akváriumokhoz.